Fue fundado por el Gral. Urquiza el 28 de julio de 1849, es el colegio laico más antiguo del país, y a quién nombrara “su heredero”. Su constructor fue el arquitecto Pedro Renón, quien fue recomendado a Urquiza, desde Montevideo, por Antonio Cuyás y Sampere, representante del gobierno entrerriano en la República Oriental del Uruguay.
Hasta ese momento, mediados de la década de 1849, no existía en Entre Ríos, como en casi todas las provincias de Argentina, institutos de nivel secundario, esta situación motivo a Urquiza a crear 2 escuelas con el fin de evitar el éxodo de los jóvenes entrerrianos a otras provincias, muchos de ellos becados por el propio estado, una de ellas fue la fundación del Colegio de Estudios Preparatorios, que creó en Paraná el 22 de noviembre de 1848, que tuvo una muy corta existencia, que el mismo fue clausurado en agosto de 1850 y los alumnos trasladados al nuevo Colegio del Uruguay.
Renón presento los planos el 1º de octubre de 1849, los que fueron rápidamente aprobados, y el 14 del mismo mes fue colocada su piedra fundamental. Enseguida se comenzó con las excavaciones para los cimientos del edificio que ocuparía una cuadra frente a plaza Ramírez, sobre una superficie de 4830 metros cuadrados. Los materiales que se usaron provenían de la costa oriental y de Montevideo, provistos por Cuyás y Sampere, a los que se sumaron estaban destinados para levantar un colegio en la ciudad de Paraná. Las obras se demoraron por más de dos años, habiéndose terminado para fines de 1852, aun cuando faltaban algunos detalles que se terminaron de realizar para el año 1853. El costo de la obra, presupuestada en 100.000 pesos, tuvo un costo efectivo de 85.941 pesos, lo que motivo un reconocimiento al señor Justo Pastor Cabral, sobrestante de la obra por el ahorro realizado.
Su primer rector fue Lorenzo Jordana, español, quien tenía 27 años al momento de asumir la dirección del nuevo colegio. La nueva institución comenzó a funcionar en julio de 1849 en la casa de Francisco Barú, una casa de techo de paja ubicada en la calle de las Ciencias (Hoy Galarza), a dos cuadras al oeste del actual edificio, no obstante esto, el cargo de Jordana era de carácter provisorio, hasta tanto se pudiera encontrar una persona que reuniera las características que Urquiza deseaba, la persona elegida sería, en un primer momento el Dr. Alberto Larroque, aunque su designación no prosperó debido a las exigencias de este, haciéndose cargo finalmente de la Rectoría, en el año 1951 el presbítero Manuel Erausquín, quien había sido nombrado por Urquiza como rector del frustrado Colegio Preparatorio de Paraná, fue a él a quien le correspondió el honor de comenzar las actividades áulicas en el flamante edificio. Erausquín ocupó el cargo desde el 11 de marzo de 1851 hasta el 18 de mayo de 1854, en que fue reemplazado, finalmente, por el Dr. Alberto Larroque. Para fines de 1852, el colegio contaba con una matrícula de más de 200 estudiantes
El 21 de noviembre de 1852, le cupo al colegio y a sus alumnos, docentes y empleados, que integraban la compañía Urquiza, al mando del capitán Fidel Sagastume, formar parte de heroica defensa de la ciudad, ante la invasión de las fuerzas porteñas y correntinas que al mando de Juan de Madariaga, que trataban de impedir la realización del Congreso Constituyente de Santa Fe.
Por sus aulas pasaron grandes hombres políticos de nuestra Nación como el Gral. Roca (Presidente), el Dr. Victorino de la Plaza (Presidente), Ángel Texier (Gobernador de Entre Ríos), Onésimo Leguizamón (juez de la Corte Suprema de Justicia de la Nación), Benigno Ferreira (Presidente de Paraguay) y el Dr. Arturo Frondizi (Presidente) y destacados hombres de letras como Olegario Víctor Andrade, Martín Coronado y Fray Mocho. Durante el rectorado de José Benjamín Zubiaur, curso y se recibió quien sería la segunda médica de Argentina, Teresa Ratto, siendo la primer mujer bachiller de nuestro país. El edificio histórico fue culminado y habilitado el 1º de mayo de 1851. De sus épocas fundacionales se conserva la planta baja que da sobre la plaza Ramírez y el antiguo mirador que jugó un papel destacado en la defensa de C. del Uruguay en 1852 ante la invasión de las tropas porteñas. Cuenta con un museo de ciencias naturales y un museo histórico evocativo que representa los aspectos más interesantes de la vida de la institución. Actualmente es sede de la Facultad de Ciencias de la Gestión de UADER.
Si bien no se ha encontrado ningún instrumento legal que ordene la creación del Colegio, lo que generó en ciento momento una polémica acerca de su fundación, se ha tomado como tal la del 28 de julio de 1849, fecha en que su primer rector, Lorenzo Jordana comenzó a percibir su sueldo pagado por el estado.